Центральная базовая таможня является специализированным таможенным органом, входящим в единую федеральную централизованную систему таможенных органов Российской Федерации. Таможня осуществляет материально-техническое обеспечение деятельности центрального аппарата ФТС России и материально-техническое обеспечение таможенных органов, содержание и эксплуатацию зданий и сооружений, находящихся на балансе таможни. Регионом деятельности таможни является г. Москва и Московская область.